目前认为，鼻咽癌的发生主要与EB病毒感染、遗传和环境等因素相关。与此同时，人们不健康的生活方式也可诱发该病的发生，如大量吸烟、食用腌制食品、空气污染等。

基本病因：

EB病毒感染

通过分子杂交以及聚合酶链反应技术可发现，鼻咽活检组织中EB病毒的DNA、mRNA或基因表达产物。EB病毒主要通过感染人类的口腔上皮细胞和B细胞，整合到宿主细胞DNA中，阻止受感染细胞的凋亡，同时激活其生长，引起鼻咽癌。

诱发因素：

个体因素

鼻咽癌可以在任何年龄发生，但最常见于40岁~50岁的成人，其中男性发病率比女性高。

环境因素

鼻咽癌高发地区中食物和水的镍含量较高，动物实验已经证实镍可以诱发鼻咽癌。

饮食因素

咸鱼、腊味等腌制食物是鼻咽癌的高危因素，这些食品在腌制过程中均会产生2A类致癌物亚硝酸盐，从而诱发鼻咽癌。大鼠诱癌实验发现亚硝胺类化合物可诱发鼻咽癌。

遗传因素

鼻咽癌患者有明显的种族和家族聚集性，如发病率高的家族迁居海外，其后裔仍保持较高的发病率。